No sistema plantio direto (SPD) os restos culturais que são deixados na superfície do solo podem criar condições favoráveis à sobrevivência e multiplicação de algumas pragas que atacam as culturas e de alguns patógenos causadores de doenças às plantas cultivadas.

Para minimizar os problemas com o ataque de pragas e a incidência de doenças, a rotação de culturas, a utilização de sementes sadias e o tratamento de sementes devem ser práticas obrigatórias no SPD.

A rotação de culturas é caracterizada pelo cultivo de diferentes espécies em safras subsequentes na mesma área, ou seja, cultiva-se soja numa safra e na safra seguinte cultiva-se milho ou algodão. Nesta situação a palha da soja foi eliminada pela ação decompositora dos microrganismos do solo, isto é, biologicamente degradada, de tal maneira que o inóculo foi eliminado ou mantido abaixo do limiar numérico de infecção.

Ela normalmente é confundida com a sucessão de culturas, que consiste no cultivo de uma cultura principal, por exemplo, soja precoce seguida do cultivo de milho safrinha, sorgo ou milheto.

No SPD preconiza-se a utilização de sementes certificadas e sadias (livre de inóculo de patógenos), de alta pureza (livre de impurezas contaminados com pragas) e tratadas para o plantio.

O tratamento de sementes faz uso de produtos fungicidas para proteção das sementes e controle de fungos causadores de doenças e/ou de inseticidas para prevenção e controle ao ataque de pragas.

Para o controle de doenças no SPD, além da aplicação de fungicidas destacam-se as seguintes medidas: densidade de plantas por área adequada ao crescimento da cultura; eliminação de plantas que crescem após a colheita para que patógenos não sejam mantidos no campo até o próximo plantio (conhecidas como voluntárias, guachas ou tigueras); e sequência de espécies de plantas adequadas de tal modo que não sejam mantidos patógenos no campo no mesmo ano agrícola; o manejo da fertilidade do solo mantendo o equilíbrio dos nutrientes deve também contribuir para a redução dos danos causados pelas doenças; e o aumento da atividade supressiva do solos.

Na análise de risco de ocorrência de doenças e de pragas devem ser considerados fatores inerentes ao patógeno e/ou à praga (ciclo biológico, dinâmica populacional, dispersão, sobrevivência, condições favoráveis, virulência dos isolados), ao hospedeiro, ou seja, planta cultivada (resistência, densidade de plantas, extensão da área cultivada, arquitetura da planta, espaçamento), e ao ambiente (temperatura, umidade, precipitação pluvial, molhamento foliar), além do tipo de solo, pH, teor de matéria orgânica, umidade e nível nutricional do solo, índice de cobertura do solo, quantidade e qualidade da palhada e seqüência de culturas empregada no sistema de rotação. 

Infelizmente a maioria dos produtores rurais não tem estado atentos a todos estes fatores e nem sequer tem utilizado um sistema de rotação de culturas adequado para o convívio com os problemas de doenças e pragas.

Nos últimos anos tem-se observado a intensificação do ataque de pragas e da ocorrência de doenças, obrigando os produtores a utilizarem mais defensivos agrícolas, aumentando o custo de produção, os riscos de intoxicação e contaminação do ambiente e consequentemente reduzindo os lucros.

Algumas das principais doenças de solo que tem se expandido na região do Cerrado são: mofo branco (Sclerotinea sclerotiorum), fusariose (Fusarium oxysporum) e rizoctoniose (Rhizoctonia solani).

Além do aumento dessas doenças, a ocorrência de algumas pragas também tem aumentado na região, principalmente os nematóides de galha (meloidogyne javanica e m. inccgnita), o nematóide de cisto da soja (Heterodera glycines) e nematóide das lesões das raízes (Pratylenchus brachyurus).

Para minimizar os riscos e os prejuízos causados por estas doenças e pragas torna-se imperativo aos produtores de SPD melhorarem a qualidade do seu sistema, adotando a rotação de culturas e a diversificação de espécies, além do uso do manejo integrado e do controle biológico.

Em algumas situações onde já estejam ocorrendo estas pragas e doenças, de forma associada, em especial, em áreas irrigadas torna-se imprescindível a utilização do coquetel de plantas de cobertura do solo, com efeitos específicos na redução do inóculo das doenças e da população das pragas.

Espera-se que a pesquisa, a extensão, os produtores e as empresas se unam para testar e validar estas misturas de plantas de cobertura do solo, de forma que se consiga conviver com estes problemas e produzir alimentos com sustentabilidade (economicamente viável e competitiva, ambientalmente equilibrado e socialmente justo).